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Os cães têm importância epidemiológica por atuarem como sentinelas da toxoplasmose humana, sendo bons indicadores de contaminação ambiental.Objetivou-se com este estudo isolar e caracterizar geneticamente cepas de T. gondii oriundas de tecidos de cães naturalmente infectados dos municípios de Ilhéus e Itabuna, Bahia, Brasil. Para isto, foi coletado sangue de 21 cães provenientes dos CCZs dos respectivos municípios, seus soros foram testados para presença de anticorpos para T. gondii pela Hemaglutinação Indireta. Cérebros e corações dos cães soropositivos foram digeridos e inoculados em camundongos para isolamento do parasita. A caracterização das cepas de T. gondii foi feita pela técnica de PCR-RFLP utilizando 10 marcadores genéticos (SAG1, SAG2 novo, SAG3, BTUB, C22-8, C29-2, GRA6, PK1, APICO e L358). O resultado sorológico apontou sete cães sororreagentes. Entretanto, no ensaio biológico, T. gondii foi isolado de apenas 4 cães soropositivos, nomeados como TgDgBr 6, 13, 17 e 21 respectivamente. Todas as cepas foram virulentas, provocando alterações clínicas nos camundongos. A caracterização genética destes 4 isolados indicou 4 genótipos únicos, todos com diferentes combinações das linhagens clonais (I, II e III) e 2 genótipos apresentando alelos atípicos. A RFLP com uso de vários marcadores demonstrou ser capaz de detectar a variabilidade genética das cepas circulantes na Bahia, e consequentemente apontar a diversidade genética do parasito nesta região.